Az allergéneket az élelmiszer összetevőben kell keresni, méghozzá azokat, amelyek felelősek az allergiás reakció kialakulásáért. Ezek általában olyan fehérjék, melyek ellenállnak a hőnek, a főzésnek, a savnak a gyomorban, és a bél emésztő enzimeinek. Ennek eredményeképpen, az allergének túlélik az utat a gyomorba, és a gyomor nyálkahártyáján keresztül bejutnak a véráramba, eljutnak a célszervekhez és allergiás reakciókat váltanak ki az egész szervezetben. Ebbe az ételallergia mechanizmusba beletartozik az immunrendszer és az öröklődés.
Az immunrendszer: Az élelmiszer allergiás reakció, két összetevőt foglal magában az immunrendszerben. Ennek egyik eleme a fehérjék egyik típusa, az ellenanyag immunglobulin E (IgE), mely kering a vérben. A másik a hízósejt, ami egy speciális sejt, amely megtalálható minden szövetben a szervezetben. A hízósejt különösen nagy számban fordul elő a szervezetben azokon a helyeken, ahol gyakori allergiás reakciók jelennek meg a testen, beleértve az orr, a torok, a tüdő, bőr, és a gyomor-bél traktus.
Öröklődés: Látszólag ártalmatlannak tűnik, amikor a szervezet elkezd valami ellen termelni ellenanyagot, ameddig ki nem derítjük, hogy ezt a termelődést ételallergia okozza. Az okok között jelentős szerepet játszik, ha az egyik szülő allergiában szenved, illetve nagyobb valószínséggel alakul ki a gyereknél az allergia, ha mindkét szülő allergiás valamire. Nem kell a szülőknek konkrétan ételallergiásnak lennie, elég, ha az allergia valamelyik fajtájában, pl. pollen, szőr, toll, vagy különböző vegyszer allergiában szenvednek. Így annál a személynél, aki két allergiás szülővel is rendelkezik, nagyobb valószínűséggel alakul ki az élelmiszerallergia, mint akinek csak egy allergiás szülője van.
Mechanizmus: Az ételallergia egy túlérzékenységi reakció, ami azt jelenti, hogy mielőtt egy allergiás valóban nagy mennyiségben találkozna az allergénnel (okozó anyaggal), egy kis mennyiség is ugyan azt a reakciót váltja ki.
Az allergiás reakció kezdetén speciális fehérvérsejtek jelennek meg, amelyek kifejezetten az allergén miatt kezdenek termelődni. Ezek az ellenanyagok ekkor felszabadulnak, és megjelennek a hízósejtek, a szervezet különböző szöveteiben A következő alkalommal amikor a személy megeszi az élelmiszert, és az allergén a szervezetbe jut a sejtek vegyi anyagokat bocsátanak ki, mint például a hisztamin. Attól függően jelennek meg a test különböző területein a tünetek, hogy melyik szövetben szabadulnak fel ezek a vegyik anyagok, köztük a hisztamin.