A gyomornyálkahártya a savas vegyhatásnak ellenáll, de a nyelőcsövet bélelő nyálkahártya savérzékeny. Az ide jutó gyomorsav gyulladást okoz, aminek a jele az égés, illetve az égő fájdalom. Amennyiben a reflux csak időszakos jelenség, a savhatás megszűnését követően a nyelőcső nyálkahártyája gyorsan regenerálódik és az égető érzés megszűnik. Amennyiben a gyomorszáj izomgyűrűje – ami a nyelőcső végét a gyomortól elhatárolja – laza (ami lehet alkati tulajdonság, de okozhatja pl. egyes vérnyomáscsökkentők is), vagy a gyomorban lévő nyomás nagy (túl súly, terhesség esetén, vagy szénsavas italok, nagy fehérjetartalmú ételek, illetve gyakran csokoládé, narancslé fogyasztása után), a gyomorsav visszafolyása állandó gyulladást okoz, és a gyomor égés állandósul. Tekintve, hogy olyan gyógyszer, vagy praktika, ami a gyomorszájat bezárná, nincs, a tartós, az életminőséget rontó gyomorégés esetén a gyomorsavtermelést gyógyszeresen kell csökkenteni. Amennyiben a gyomornedv savtartalma alacsony, ha vissza is folyik a nyelőcsőbe, annak nyálkahártyáját nem irritálja, ezért a nyelőcsövet bélelő nyálkahártya rövid idő alatt regenerálódik, és az égő fájdalom megszűnik. Gyomorégést a refluxon kívül okozhat fekélybetegség is. Ha valaki gyomortáji fájdalmat, égést, émelygést, étvágytalanságot érez, és tüneteihez esetleg fogyás, hőemelkedés is társul, azonnal forduljon orvoshoz, mert daganatos megbetegedés is okozhat ilyen tüneteket! A gyomorégés tehát általában nem betegség, hanem a gyomorszáj lazaságának a tünete.