A takarmány-alapanyagok, a szemes takarmányok termesztése vagy raktározása során gondot jelenthet a penészgombák (Acremonium, Alternaria, Chaetomium, Fusarium, Helminthosporium, illetve Absidia, Aspergillus, Mucor, Penicillium, Rhizopus) megjelenése, elszaporodása a takarmányban. Ilyenkor a penészgombák jelentős mennyiségű növényi táplálóanyagot használnak fel elszaporodásukhoz, ami gazdasági kárt okoz. Más esetben csökkentik a vetőmag csírázóképességét, megtámadják a növényt egyes fejlődési szakaszaiban. A fertőzött szemek zsugorodnak, bennük toxinok fordulnak elő. A penészes takarmányban nő a savszám, csökken az E-vitamin és a karotin mennyisége, az állatok általában visszautasítják fogyasztását, kellemetlen íz-, szag- és színanyagaik rontják az élelmiszer minőségét, a toxintermelés nyomán mikotoxikózis következhet be (állat, ember), a mikózisok között előfordul zoonózis is (pl. tarlósömör).
A növénytermesztésben felhasznált növényvédő szerek egészségkárosító hatását elkerülhetjük a legeltetési várakozási idő megtartásával. Ebben fontos gyakorlati szempont a növény- és az állat-egészségügyi szolgálat együttműködése.
A műtrágyázás gyakorlatában megfigyelték, hogy kedvezőtlen nagyobb mennyiségű mész és foszfát előfordulása a talajban vas-, mangán-, bór- és cink-hiánnyal, ami növény- és állatbetegségek kialakulását okozza. A szuperfoszfát alapanyagából, az apatitból kioldódó fluorid a talajvízzel forrásvizekbe juthat, az itatásra használt víz fluorózist okozhat. A túlzott mértékű nitrogénműtrágyázás növeli a növények nitrát-nitrit tartalmát, ami methemoglobinemiát okoz.
A hígtrágya vagy a szennyvíz öntözésre való felhasználása aggályos lehet, ha fertőző kórokozókat tartalmaz, ilyenkor a mikroorganizmusok ártalmatlanítása (fertőtlenítés) lehet a megoldás a fertőzés megakadályozására. A nehézfémek gyakran alkotóelemei a települési szennyvíziszapnak, illetve a takarmányoknak, ami hozzájárul ahhoz, hogy pl. háziállatok zsigereiben, a vadon élő állatok izomzatában kimutatható legyen nehézfémtartalom, ami az élelmiszerek minőségét rontja, valamint veszélyes az emberi egészségre is.
Címkékállatok álom betegség etetés istállók juh lovak marha tenyészet